FBA:s verksamhet styrs av instruktioner och årliga regleringsbrev som utfärdas av regeringen.  

I instruktionen anger regeringen FBA:s ansvarsområden och uppgifter. I regleringsbrevet anger regeringen mål och återrapporteringskrav, dessutom tilldelar regeringen resurser för FBA:s förvaltning och verksamhet.