Folke Bernadotteakademin leds av en myndighetschef, generaldirektören. Han stöds i sin ledning av ett av regeringen utsett insynsråd - Program- och Verksamhetsrådet. Inom myndigheten är dels en strategisk, dels en operativ ledningsgrupp organiserad. Dessa är dels rådgivande inför myndighetschefens beslut, dels organ för löpande samordning och samverkan inom myndigheten.

Myndighetsledning

Jonas Alberoth, tf generaldirektör

Ledningsgrupp

Generaldirektören och generaldirektörens ställföreträdare

Ann Bernes, chef för Enheten policy, forskning och utveckling

Tiina Heino, chef för Enheten för personalförsörjning och insatsstöd

Gabriela Elroy, tf chef för Enheten för utbildning, samträning och övning

Åsa Ekwall, stabschef

Marianne Kihlberg, informationschef

Inger Näslund, ekonomichef

Claes Larsson, personalchef

Victoria Wickman, stabshandläggare