Folke Bernadotteakademin, FBA, som har drygt 90 medarbetare i Sverige, är organiserad i tre verksamhetsansvariga enheter:

• Enheten för utbildning, samträning och övning (Education, Training and Exercises, ETE)
• Enheten för personalförsörjning och insatsstöd (International Recruitment and Mission Support, PFF)
• Enheten för policy, forskning och utveckling (Policy, Research and Development, PRD)

Till stöd för verksamheten finns en administrativ enhet. Den innefattar medarbetare med ansvar för registratur, arkiv, redovisning, planering, verksamhetssamordning, säkerhet, personal, information och IT. Direktföredragande på sina respektive ansvarsområden är utöverna enhetscheferna, personalchefen, informationschefen samt säkerhetsskyddschefen. Beslut om fördelning av medel ur "Fredsmiljonen" fattas av generaldirektören. Även vissa frågor avseende akademins roll som koordinator av International Forum for the Challenges of Peace Operations och "Good Offices" har en koppling till myndighetsledningen.

ETE har ansvaret för all utbildnings- och övningsverksamhet utöver den där sakansvaret finns inom PRD. Dessutom har enheten ett samordningsansvar för civil-militära relationer, EU-relaterade frågor och genderfrågor. Missionsförberedande utbildning och kurser för den internationella resurspoolen sker  i samverkan med PFF som, utöver det nationella arbetsgivaransvaret, bär ansvaret för uttagning, utbildning, utrustning, utsändning, uppföljning och hemkomstprogram för akademins sekunderade personal (f n drygt 70 personer) i internationella fredsinsatser. Tillsammans med forskningsfunktionen, inom den 2009 bildade PRD, bär PFF  ansvaret för nationell erfarenhetsåterföring av lärdomar vunna under insatserna.

Inom PRD finns, utöver forskning, också ansvaret för konfliktförebyggande, metod- och doktrinutveckling, säkerhetssektorreform (SSR), avväpning, demobilisering och re-integrering (DDR), rättsstatsuppbyggnad (RoL), Good Offices, Fredsmiljonen och sekretariatet för koordinationen av International Forum for the Challenges of Peace Operations.